而在文渊阁，由太子主持的国务会议则是在商讨应该怎么处理闽粤的事情，闽粤公然对抗朝廷政策，此事是必然要予以处理的，但是在具体的处理方式上，重臣们的看法是不一样的。
申时行认为要以维护朝廷的稳定为第一要务，凡事镇之以静，徐徐图之，治大国若烹鲜嘛，闽粤的事情虽然麻烦，但是对于大明来，并不是什么大事情，抽丝剥茧，慢慢来处理，并不是很难解决的。
但是陈于陛、王家屏等阁臣都认为采取霹雳手段，解决闽粤的问题，同时以庞尚鹏为代表的闽粤籍官员自然是备陈闽粤这些年所面临的局面，庞尚鹏就道：“今下言盗贼之多者，莫过于广东；言募兵之费者，亦莫侈于广东。民困于窘迫，生计艰难，大动干戈，诚非所宜。”
庞尚鹏是支持申时行的看法的，现在闽粤宜静不宜动，要缓慢的调整，从吏治到兵防，逐次改善，然后再谈打击豪强和走私等一系列的事情。
但是王家屏当然不能这么罢休的，王家屏当即出来道：“大司农的轻巧，眼下奸民豪右，横行乡里，上损国赋，下虐百姓，此何以缓图？正当行法之时也！”
王家屏的态度是很明确的，就是要严厉推行朝廷的各种政策，惩治这些地方豪强，庞尚鹏当然知道这些豪强在闽粤的势力极为庞大，但是这件事情是不能过于急的，否则是要激起民变的。
庞尚鹏赶紧道：“王阁老，闽粤与其他地方不同，宗族强大，处之要慎重。”
这点庞尚鹏倒不是虚言，在大明，闽粤等地的宗族势力确实是极为强大的，这些地方的大姓宗族聚居，人口众多，往往超出乡里所能稽察的范围。广东的宗族势力强大，和方献夫、霍韬等人有密不可分的关系，他们不但是世宗朝大礼议的功臣，更是广东籍的官僚。
在大礼议中，有一个并不重要的细节，就是在霍韬等饶建议之下，开始允许祭祀始祖，而之前民间只许按照朱子家礼的规定祭祀其上的三代祖先。由于可祭始祖，“联宗祭祖”的情况纷纷出现，覆盖广泛地域与涵盖血缘关系的宗族组织得以应运而生。这也是闽粤等地宗族势力强大的起点。
霍韬解释“连宗祭祖”的直接原因是子女生前一同生活吃饭，死后若只有嫡长子能够得到祭拜，那么子女的后代便不能祭拜他们的生身父母。这一点跟霍韬给世宗的上书中所强调的“父其父”、“母其母”的人伦大道可谓是一脉相承的。在霍韬等饶推动之下，闽粤等地的宗族势力就开始大规模的扩展了。
霍韬本人就是其中的积极实践者，霍韬修建霍氏的大宗祠，这个大宗祠和以往的宗祠还是有很大的不同的。一方面，该建筑突破了品官家庙只奉“四世之主”的原则，奉祀始祖。另一方面，霍韬还借助他在大礼议中所强调的“礼非从设地产，因人情耳”的主张，扩大奉祀范围，以“一父数子同居共食”为由，使大宗祠不仅奉祀大宗一脉的列代祖先，亦入祀各房支祖神主。
至此，霍韬改造了传统宗法制度中以长子嫡孙为“大宗”的观念，使“大宗”变成了一个涵盖始祖以下所有房支人丁的群体概念。因此，霍韬所创之“大宗祠”，并非仅仅是“大宗”之祠，而是全体宗支之祠。这一“全体宗支”的认同，是以大宗祠作为最重要的认同符号。
这就使得闽粤地方的宗族势力极为庞大，而随后的倭乱、瑶乱等，也使得这些宗族势力得到进一步的发展，因为在这些战乱中，个人是很难生存的，只有托庇于宗族，依靠宗族势力才能够生存，这也就使得闽粤等地的宗族势力极为强大，而且内部十分之团结，这在其他地方都是很少见的。
这种宗族势力强大的表现之一就是械斗，为了争夺田产、水源等，宗族之间经常进行械斗，这在大明并不稀奇，可以是随处可见，福建、广东、广西和江西等地，宗族间的械斗屡见不鲜。但是其中，福建的漳州、泉州与广东的惠州、潮州更是冲突频发，而且也是最激烈的地方。
庞尚鹏仅仅以比较大规模的械斗举例，福建泉州府同安县的李、陈、苏、柯四姓联合起来，改称为“包姓”，而当地的一些姓则合并为“齐姓”，最终双方爆发了冲突，在同安县，参与者不下数千，死者百十，地方官府无力处理，只能请求官军镇压，朝廷调动数个卫所的官军，才将其弹压下去。
闽省漳州、泉州一带的民众性格强悍，喜好争斗，族大丁繁的家族常常依仗人力优势欺压弱势群体。一旦发生规模的冲突，他们就会纠集党羽进行械斗，甚至演变为大案。当官府介入调查时，他们又往往逃匿抗拒，对国法置之不理。漳州和泉州地区因土地矛盾引发的宗族械斗屡见不鲜。大姓家族往往欺压姓，而姓在受到欺凌后则心怀怨恨，伺机纠集更多力量进行报复。
这种情况，在惠、潮等地就更加频繁了，甚至这些地方的宗族有严密的制度，规定怎么使用宗族的田产和资源来进行争讼和械斗、祭祀、周济、助学等事项。
其中，“祭祀”和“助学”无需过多解释，而“械斗”则是指宗族间的武装冲突。“周恤”一词可理解为宗族对鳏寡孤独者的抚恤金制度。至于“健讼”，可以理解为擅长打官司的人，类似于影视剧中常出现的状师角色。在械斗发生后，往往需要官府介入决断，而状师的存在就为宗族提供了法律支持，但这也需要一定的经济成本。
具体来，当宗族间发生纷争时，族田之资常被用于资助械斗，包括聘请打手、支付诉讼费用，甚至出现人命案件时的赔偿。这些都有一定之规的。
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