朱载坖于是正是召集内阁、练兵军务处、五军都督府、兵部等相关衙门一道商量对于卫所的改革，内阁所担心的是出现内轻外重的局面，这也是张居正一再提醒朱载坖的事情，在朝廷实施镇协制之后，内外官军一共近九十万，但是在京师的只有京营和亲军诸卫，即便是算上班操京军，不到三十万，卫所也被大量的调出用于控制新收复的领土，对于朝廷来，内阁认为已经存在内轻外重的趋势的，所以要强化朝廷对于军队的控制。
而五军都督则是认为现在都司和五军都督府的关系被弱化了，兵部越俎代庖，直接管理各都司卫所，使得五军都督府毫无权力，而练兵军务处则是要厘清卫所官军和镇协官军的关系，这些问题都要予以解决。
朱载坖首先提出了一个问题，就是有关实土卫所的问题，实土卫所权力过大，应当予以削弱，首先是要厘清军队和地方的关系，都司卫所和地方府州县的关系必须要搞清楚，内阁对于实土卫所的权力过大早就有所不满了，这些实土卫所，和地方州县一样，也设置吏、户、礼、兵、刑、工六房，也称六科。各房配有令吏、令典、典吏等吏员，行使州县职权，但是和地方州县是流官不同，卫所指挥使以下的军官大多世袭，这也就导致这些卫所的吏治极为腐败，所以内阁认为要取消实土卫所，设置州县加以管理。
对于这点，朱载坖是支持了，卫所在地方的权力过大，并非好事，要在边疆地区设立州县，加强对于边疆的控制，而卫所制负责对于军户的军屯的管理，现在实现军屯、民田统一起科，但是由于卫所军士并不承担额外的徭役折银，从某种意义上，卫所军士的负担理论上是低于百姓的。
但是要命的就是这帮卫所军官们，他们世代承袭，在卫所里面权力甚大，往往役使军士如奴仆，朝廷的卫所军士，实则成为了他们农奴，这是朱载坖所知道的，要打破这种情况，使得军户的生计能够有所改善，才是朝廷进行卫所改革的主要目的。
其实无论是朱载坖还是在坐的臣子们亦或者太子朱翊釴都很清楚，之所以出现这种情况，最重要的原因就是这些卫所军官大多是世袭的，他们职务固定，而且在本卫有极为深厚的裙带关系，在卫所中作威作福也是很正常的事情，但是朱载坖显然不能够容忍这个行为。
朱载坖道：“惟将者，兵之司命，国之安危系焉，将官之设，其不轻而重也较然矣，欲严饬武备，莫若委任得人，则事无不举。”
对于这些卫所军官们，朱载坖决心要进行整顿了，兵部尚书徐渭向朱载坖和朱翊釴介绍了一下现在大明卫所军官的管理办法，卫指挥使以下者皆为世官，世官经比试皆可世袭，指挥佥事以上者皆为流官，流官不许承袭，世官升除为流官，则子孙袭替其原职。
徐渭道：“武职之选，有世官可也，世官不先试而用不可也，有流官可也，流官不累功而迁不可也。”卫所指挥佥事以下的军官，都是世袭而来的，这就难怪卫所士卒生计艰难了，虽然卫所军官们也能有戚继光、俞大猷这样的善待士卒的军官，但是大部分的军官都是将士卒们当成自己的农奴，随意役使的，这点其实大家都很清楚，尽管朝廷多次颁布命令，要求善待士卒，但是这些诏命都难以获得实际效果，原因就是这些卫所的中下级军官都是世袭而来的，即便是都司卫所的指挥佥事以上的军官，不也是从世袭军官中所升迁来的吗？
这就导致了朝廷无论颁布多少的命令善待卫所士卒，这些士卒们的实际处境都不会有什么实质性的改变，不过五军都督府的军官们也提出了一个问题，军职世袭乃是从太祖时就定下的规矩，他们认为：“况立军功者，皆望禄及子孙，一不得袭，即禄绝矣，此人将来生子，当不复免缺，岂可绝其禄？以下之财，赏下之功，虽赐赉有限，而爵禄无穷。征讨将士，昔从征下，万死一生，淖成功，存者悉加升赏，死者已录其子孙，其有没于战阵者赠典。”
军职的世袭是刺激士卒们立功的重要手段，毕竟立功就可以获得世职，不管怎么，只要大明存在，就有官做，这对于激励士卒们奋勇作战是有很大效果的。
这点朱载坖也是清楚的，士卒们奋勇作战，除了自身的前途之外，更是能够得到世代职务作为奖励，只有这样才能够激励士卒们奋勇作战，太祖皇帝就曾经过：“今日顾朕子孙保有无穷之下，则尔等子孙亦享有无穷之爵禄。”武官世袭，不仅是为了护国保民，更是赏赐武官，令其有报恩、报功之心，报功之典，乃国家磨世砺钝之权在，所以要动武官世袭制度，就是要对整个大明的军功制度予以改变，这可不是事，但是现在卫所军官素质低下，也确实是非常严重的问题。
首辅张居正就道：“陛下，自嘉靖以来，今之军官，有增无减，有赏无黜，何以异是。况今新官袭不比试，旧官比试亦为虚应故事，故此辈自倚世袭之官，不须才能，不畏罪黜，恣为骄贪，不习武艺，不惜军士。论今下军职，动数万计，岁支俸给何啻百万，而其间无一人堪为将领能出战阵者，此以全盛之下，而坐困于胡虏之跳梁，真可为之流涕也！”
这点户部尚书王国光也深有感触，他道：“陛下，计下之官，文职大，不盈三万余，而武职大，乃至八万有奇，一卫之中，甚至官军相半，真咄咄怪事也！”
现在卫所军官队伍急剧膨胀，对于朝廷财政造成了极大的负担，这也是不争的事实。
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